Berdasarkan hasil penilaian kinerja Penelitian Perguruan Tinggi periode tahun 2016 – 2018 dan berdasarkan surat keputusan Dirjen Penguatan Risbang nomor B/5678/E1.2/H.M.00.03/2019 tanggal 13 November 2019 tentang Klaster atau pengelompokkan Perguruan Tinggi berbasis penelitian periode tahun 2016 – 2018 menyatakan bahwa Universitas Atma Jaya Yogyakarta masuk dalam kluster MANDIRI.